上海财经大学财经研究所成立于1984年12月28日。它是学校独立建制、研究生学位教育与科学研究相结合的综合科研机构。财经研究所是上海市人民政府发展研究中心的常务理事单位。历任所主要领导金慰祖教授、朱德林教授、孙海鸣教授以及老一辈经济学家和管理学家胡寄窗教授、梅汝和教授、彭辉芳教授、印堃华教授等为财经研究所的发展奠定了良好的基础。现任所长赵晓雷教授为国内知名经济学家。

为进一步整合学科资源，推进学科学术的高水平及国际化发展，上海财经大学于2012年5月成立上海财经大学城市与区域科学学院，挂靠财经研究所。

财经研究所、城市与区域科学学院强调科研为经济社会发展服务，把握经济社会发展热点问题，强化实证研究及应用研究能力，为政府、企事业单位提高高质量决策咨询研究服务。目前，财经研究所、城市与区域科学学院拥有8个研究机构：区域经济研究中心、城市经济规划研究中心、现代都市农业经济研究中心、中国经济暨国民经济经济安全研究中心、国防经济研究中心、能源经济与环境政策研究中心、房地产经济与管理研究中心以及城市经济规划及城市群经济工作室。

财经研究所、城市与区域科学学院强调科学研究与学科建设协调整合、互相促进，通过学科发展提升研究生教育质量，优化人才培养能力，为经济社会发展提供高质量人力资源。财经研究所、城市与区域科学学院目前拥有区域经济学、城市经济与管理、国防经济、农业经济管理4个博士学位点和区域经济学、城市经济与管理、国防经济、能源经济、农业经济管理、林业经济管理6个硕士学位点，形成了以应用经济学和管理学为特色的学科群。其中，区域经济学为上海市重点学科。

财经研究所、城市与区域科学学院现有专职教师28人，其中教授8人，副教授13人。获得博士学位的教师占教师总人数的比例超过96%。财经研究所、城市与区域科学学院目前在读学生116人，其中硕士生74人，博士生42人。