北京农学院食品科学与工程一级学科为学校重点支持和发展的学科。现有“食品加工与安全”农业推广硕士点、“食品科学”和“农产品加工及贮藏工程”硕士点，其中“农产品加工及贮藏工程”是北京市级重点建设学科。该学科共有教授11名，副教授10名，目前主持在研项目均是针对北京市农产品加工技术与工程、食品安全与控制及农产品资源利用为主的应用基础或应用技术研究项目。食品科学系共有实验室面积3500平米，拥有仪器设备资产2000多万元。实验室建有饮料、葡萄酒、乳品等多条食品生产线，学校在广泛与郊区合作的基础上，在平谷、昌平、延庆、门头沟、房山建立了学校的六个基地。同时通过与中国农科院农产品加工研究所，中科院微生物研究所、北京发酵工业研究所、北京食品研究所、中国农业大学、北京联合大学、北京林业大学等兄弟院所的合作，发挥各自优势，实现科研与教学的相互促进，与北京市多家大型食品生产企业和质检机构紧密合作，开展了多项科学研究活动，如北京红叶葡萄酒庄园、北京三元食品公司、天源食品公司、北京市第五肉联厂、北京市昌平区卫生局卫生监督所等，为食品加工与安全学科人才的培养提供了强有力的支撑。

农业推广硕士的培养坚持面向基层、服务北京、重在应用的教育理念，培养高层次、多学科、懂经营、会管理的复合型人才。