微生物与生化药学专业硕士点为遵义医学院药学一级学科下自主设置二级学科， 于2012年开始招生，现有在读研究生12人。该学科依托贵州省细胞工程重点实验室、贵州省普通高校微生物资源及药物开发特色重点实验室等研究基地，形成了药用真菌活性天然产物开发利用、药用昆虫活性天然产物开发、放线菌抗生素发现与生物合成等3个主要科研方向。有硕士生导师5人，导师队伍为 “贵州省特境微生物与昆虫药用资源研究科技创新人才团队”，其中教授4人，副教授4人，博士7人，教育部新世纪人才1人。现承担国家自然科学基金项目7项、省级及其他项目20项，总经费近800万元。近5年在国内外核心刊物上发表近100篇，其中SCI收录20篇，EI收录3篇，申请国家发明专利5项。获得省、市科技进步奖二等奖4项。

近年来，本学科与上海交大、中国医学科学院药物生物技术研究所、中科院微生物研究所、中科院昆明植物所、四川大学、成都医学院等国内科研院所合作交流建立了良好的合作关系。