耳鼻咽喉科学2004年获得硕士点，该学科是院重点扶植学科，是浙南闽北地区耳鼻咽喉科医疗、教学和科研中心。该学科有一个团结、求实，创新精神的队伍。现有专业医师130余人，正高职称14人，副高职称20余人，硕士生导师13人。拥有博士学位11人，在读博士4人。其中温州医科大学附属第一医院有硕士生导师9人，温州医科大学附属第二医院有硕士生导师2人，温州医科大学附属第三医院有硕士生导师1人。学科研究生培养有学术型研究生及专业型研究生两种类型。

本学科曾多次获得国家、省及市级科研成果奖。曾获得国家自然科学基金一项，国际合作课题2项，省部级课题20余项，市局级课题30余项，其中10项省级课题已顺利结题，目前在研省级课题6项，并先后发表了SCI文章30多篇。课题《母系遗传性药物性耳聋的致病机制及干预》获浙江省人民政府科技进步一等奖、中华医学科技奖二等奖。

本学科还承担起浙南闽北地区繁重的医疗任务，附属一院年门诊量27万多，附属二院年门诊量20万多，均居全省前列。该学科除日常医疗工作，还不断开展高、新，难的医疗项目，如头颈部肿瘤外科及缺损修复居省内领先水平；鼻颅底及侧颅底手术也在省内名列前茅，小儿耳鼻咽喉疾病、气管及支气管异物等方面处于省内领先水平；医学嗓音与喉功能外科；鼻腔、鼻窦疾病与微创外科技术，以及二氧化碳激光及低温等离子微创手术；听力语言康复与人工耳蜗植入及阻塞性睡眠呼吸暂停、低通气综合症治疗的研究等，成绩均斐然。本学科始终充满着一种脚踏实地、勇于探索的学术氛围，致力于耳鼻咽喉头颈外科专业人才的建设和培养。