生物医学工程是一门由理、工、医相结合的交叉学科,是电子、机械、材料、热能动力、分子生物医学等多种工程学科与生物医学相结合的产物。它是运用现代自然科学和工程技术的原理和方法，从工程学的角度，在多层次上研究人体的结构、功能及其相互关系，揭示其生命现象，为防病、治病提供新的技术手段的一门综合性、高技术的学科。上海理工大学生物医学工程硕士研究生的培养注重学科之间的交叉，设有医学电子与信息工程、医用精密仪器与光电技术、医学成像与图像处理技术、智能康复工程与人体增强技术、生物系统热科学、生物材料与分子生物医学等多个研究方向，突出医疗器械工程与技术作为特色。医疗器械是国家和上海市中长期发展规划的重点支持领域。

本专业还获得国家973、863项目等6项；15项国家自然科学基金；省部级课题50余项；横向课题140余项。导师和研究生共发表论文700多篇，SCI/EI/ISTP收录220多篇。并获得上海市科技进步一等奖1项，省部级科技进步二等奖4项，省部级科技进步三等奖1项。发明专利19项，科技成果转让16项。

学院自2007年招生第一届生物医学工程硕士研究生以来，就业率皆为100%，2018年获得学位的硕士研究生签约月薪平均9000元。生物医学工程专业入选2007年上海重点领域导向专业目录，生物医学工程专业的应届硕士毕业生在申请上海户口时在专业上有加分项。

学院配合学校研究生院的研究生创新基金，设有微创创新基金，来鼓励、资助学院硕士研究生的创新研究活动。