药物化学学科1999年开始与中药学学科联合培养硕士研究生，2006年经国务院学位委员会批准取得药物化学专业硕士学位授予权，2009年本学科天然药物活性成分结构修饰与改造方向被列为中药学博士点立项建设方向之一。学位授权点现有硕士生导师10人，其中教授(含研究员、主任药师)5人，副教授(含副研究员、副主任药师)5人。

本学位授权点现有药物化学、中药活性成分分离提取、药用材料、药物传递技术、纳米制药和制药过程等多个实验室，围绕天然药物活性成分结构修饰与改造、天然药物活性成分现代分离技术、药物设计及合成工艺研究、纳米制药和制药过程传质与分离等主要方向进行研究。先后承担了国家重大新药创制计划项目2项、省部级研究项目8项、厅局级研究项目10项，企业合作课题5项。近年来在国内外学术期刊上发表学术论文100多篇，授权和申请国家发明专利10多项。

  本学位授权点与中科院昆明植物研究所、中国科学技术大学、安徽省医学科学研究所、安徽省药物研究所等研究机构和高校建立了广泛的联系，现已成为安徽省中药活性成分结构修饰与改造研究、纳米制药、中药现代化技术研究和药物合成工艺研究的重要基地和高水平、高素质药学类创新型人才培养的摇篮。目前已招收培养硕士研究生50余名。

  主要研究方向：1.药用材料和药物制剂新技术；2.药物设计及合成工艺研究；3.天然药物活性成分现代分离技术；4.天然药物活性成分结构修饰与改造；5.制药过程传质与分离。