中西医结合基础专业是安徽中医学院最早招收攻读硕士学位研究生的专业，于1981年首批获得硕士学位授予权。

多年来，中西医结合基础研究团队在经络生理研究、肺气虚证客观化和标准化研究、针灸作用及其机制研究等领域取得了丰硕的研究成果，形成了自身的学术特色，在中西医结合基础研究领域具有较高影响力。中西医结合基础学科于2008年被确定为安徽省省级重点学科。现拥有神经生物学、细胞与分子免疫学、药理与毒理、生殖医学等4个研究室及1个中西医结合临床检验中心，拥有形态、功能、代谢3个实验中心和1个省级重点学科重点实验室公共研究平台。以针灸作用的神经内分泌免疫网络机制研究、中医证候客观化及流行病学研究、方药作用机制及创新药物开发研究、中药抗感染与免疫研究、中西医结合防治情志病机制研究等为主要研究方向。

目前，承担国家自然科学基金项目5项，安徽省自然科学基金项目5项，安徽省高等学校自然科学研究省级重点项目4项，企业合作项目多项。学位授权点建立以来，取得科研成果20余项，获国家科技发明二等奖1项，省部级科技进步二等奖3项、三等奖4项。近5年在省级以上学术刊物公开发表较高水平学术论文167篇，其中SCI 收录3篇；主编教材3部，参编教材42部。

主要研究方向：1.针灸作用的神经内分泌免疫网络机制研究；2.中医证候客观化及中医证候流行病学研究；3.方药作用机制研究；4.中药抗感染机制研究；5.中西医结合防治情志病机制研究。