应用数学专业于1998年获硕士学位授予权，现拥有偏微分方程、动力系统、数学物理、应用泛函分析四个稳定的研究方向。本专业学科梯队结构合理，学术水平高，2004年被评为江苏省 “青蓝工程”优秀学科梯队。现有的6名硕士研究生导师（其中博导2人）中有教授5人、副教授1人，具有博士学位者5人。导师中1人被授予“全国先进工作者”称号，获“全国五一劳动奖章”，2人享受国务院颁发的政府特殊津贴，2人入选教育部新世纪优秀人才支持计划，2人入选江苏省政府“333培养工程”学术带头人培养对象，3人入选江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人。近五年，先后承担国家重点基础研究发展规划项目（973）一项, 主持国家自然科学基金8项，各类省（部）级项目十多项。本专业点十分注重人才培养质量。已招收硕士生122人（目前在校生30人），其中20人应届考取了中国科学院、复旦大学、中国科学技术大学、浙江大学等著名科研院校的博士生，2篇学位论文入选“江苏省优秀硕士学位论文”。