系统科学于2019年获批一级学科硕士点，是我校博士学位点立项重点建设学科，也是安徽省特色学位建设点。学科拥有安徽省高端装备智能控制国际联合研究中心、系统科学研究院等科研平台与团队，形成以下较稳定的特色学科方向。1.复杂系统理论：基于非Gauss随机过程理论，研究非线性复杂随机系统的渐近行为；2.复杂系统建模与调控：围绕无人车协同、智慧能源系统调控等领域内的关键技术，开展系统的建模、动态分析和状态调控研究；3.系统优化与智能决策：研究复杂系统多目标优化算法与智能决策；4.车辆系统分析与集成：研究智能网联汽车环境感知、智能决策以及控制系统的分析与集成。全日制培养，学制3年，总学分不少于36学分。每年招生名额20人左右。

学科构建了人才引育长效机制，注重顶层设计、提前谋划、定向培育、服务地方，鼓励中青年骨干教师赴企业担任“科技副总”，并给予重点支持和跟踪培养。形成了以知名专家为引领，以全国优秀教师、安徽省高校优秀科研创新团队、安徽省“皖江学者”、安徽省高水平导师、安徽省教学名师为示范的师德高尚、理论水平高、实践能力强和年龄结构合理的师资队伍。团队现有专任教师56人，其中博士生导师13人、教授28人，副教授21人。

学科以国家智能汽车创新发展战略、关键领域和社会重大需求为牵引，以校企联合攻克领域内系统科学关键问题为己任，加强科研工作的顶层设计和战略规划，依托高水平科研平台，开展有组织科研，促进学科交叉融合，科研创新水平和综合实力显著增强，理论成果丰硕，成果转化显著。近五年，学科新增安徽省科学技术奖和社会科学奖一等奖1项、二等奖4项，到账科研经费4600余万元，主持国家自然科学及社会科学基金项目31项，在SIAM 、Automatica、IEEE TAC等刊物发表高水平论文450余篇。学科成功举办2023第三届复杂系统建模与智能控制研讨会、2023随机系统理论与智能控制国际学术研讨会等重要学术会议，并于2024年5月举办中国第八届系统科学大会。