温州医科大学基础医学学科一直是学校的优势特色学科，目前设置了人体解剖与组织胚胎学、免疫学、病原生物学、病理学与病理生理学、法医学、分子医学等6个培养方向，经过省“十二五”高校重点学科和省“十三五”“十四五”一流学科（B类）的建设，入围了2019和2022年软科世界一流学科401-500名区间，进入软科中国最好学科排名前30%，免疫学方向进入ESI全球排名前1%。

基础医学专业学位点拥有基础医学国家实验教学示范中心，浙江省肿瘤相关病原与宿主互作研究国际科技合作基地等平台。近5年获批国家自然科学基金90余项，相关研究成果获教育部自然科学奖二等奖、省科技进步二等奖、省医药卫生一等奖等科技奖十余项。近年来取得一系列重大突破：首次构建“视网膜色素上皮细胞移植片”打破了发达国家技术垄断；穿支皮瓣的基础与临床研究推广应用近万例；肿瘤与免疫的研究成果被国家自然科学基金委推为年度突出成果。