眼科学学科于1977年成立，是集临床医疗、教学、科研及防盲为一体的综合性学科，长期承担皖南医学院眼科学教学工作，自2008年开始招收中西医结合眼科硕士研究生，2012年正式招收眼科学专业硕士研究生。学科主要研究方向为网膜疾病、眼眶疾病的基础与临床研究。近5年，获国家级科研课题1项、省厅级科研课题3项；发表论文30余篇，SCI收录1篇。经眼科学硕士点培养的研究生具备较好的学术氛围及丰富的临床经验，在省内外享有良好的社会声望。