我校内科学为1981年经国务院批准的全国首批硕士授予点，2006年成为博士点，历来是浙南、闽北地区内科学临床、科研、教学和会诊中心。内科学为浙江省重点学科，学科负责人王良兴教授从事呼吸内科工作，浙江省医学会内科分会候任主委，卫生部有突出贡献的中青年专家，享受国务院特殊津贴。他作为科研成果的负责人，获中华医学科技奖一等奖、浙江省政府科学技术奖一等奖。内科学研究生招生分学术型和专业型，三级学科主要包括：

方向一、心血管病: 为医科大学重点扶植学科。是国内较早开展心脏介入治疗的学科之一，目前已涵盖几乎所有心脏介入技术，其中冠心病介入例数和急性心肌梗死急诊PCI例数连续数年列浙江省第一。室性心律失常和心房颤动射频消融及新近开展的左心耳封堵术及房颤冷冻球囊消融术处于省内先进水平，ICD、 CRTD等生理起搏和多功能起搏技术处于国内领先水平；另外新近开展的希氏束起搏处在了国际领先的位置。在基础研究方面承担了多项国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和温州市重点科研基金项目，其中高血压致病基因研究、先天性心脏病致病基因研究和内皮祖细胞研究处于国内先进和领先水平。

方向二、血液病：为医科大学第二批重点扶植学科，医院重点学科， 2005年成立中美合作血液肿瘤与移植免疫研究所（5110项目），为卫生部非血缘造血干细胞采集及移植定点单位、国家药物临床试验基地、国家专科医师培训基地，为目前浙东南最大的血液病治疗、造血干细胞移植中心，床位120张，移植病房24张，非血缘造血干细胞移植量位居全国第十七位。近年来承担了多项国家自然科学基金、浙江省自然科学基金和温州市重点科研基金项目。主要的研究方向有血液肿瘤生物治疗、苯对造血干细胞影响，移植相关GVHD等，多项研究达到国内先进水平。

方向三、呼吸系统疾病：为浙江省医学支撑学科，在肺部感染、肺动脉高压、急性肺损伤发病机制及其防治研究领域居国内领先地位，多次获省部级科技进步奖，科研成果“金黄色葡萄球菌临床分离株的致病性和耐药性的特点及分子特征研究” 获中华医学科技奖一等奖、浙江省政府科学技术一等奖。在呼吸介入、肺血栓栓塞症等临床和基础等研究方面居国内先进水平，获批浙江省重点实验室（介入肺脏病学）。近年承担国家自然科学基金10余项，省部级等科研项目30余项，学科人才队伍建设成绩显著，多人入选卫生部有突出贡献的中青年专家、国务院特殊津贴专家、浙江省有突出贡献的中青年专家、浙江省151人才第一层次。

 方向四、消化系统疾病：为浙南消化内科领域规模最大，集医疗、教学和科研为一体的核心基地。技术力量雄厚，担任浙南闽北疑难、危重病人的诊疗和抢救工作，是SFDA认定的消化系疾病药物临床试验机构之一。

方向五、内分泌与代谢系统疾病：是浙南、闽北地区最大的内分泌代谢病专业医、教、研基地。研究方向主要为糖尿病、甲状腺疾病、骨质疏松症等疾病的临床与基础研究。目前在研的有国家自然及省自然基金课题。

方向六、肾病：为浙江省医学会风湿病学分会主任委员单位。，病区床位93张，年门诊量9万余人次，维持性透析患者400例，肾活检8000余例。肾脏病理诊断技术、血液净化和腹膜透析等主要技术达到省内先进或国内先进水平。

方向七、风湿免疫病：我院风湿免疫科是浙西南、闽北地区最大的风湿免疫病医教研为一体的医疗基地，目前我科综合医疗规模居浙江省首位，临床诊疗水平达到或接近国内先进行列，能解决大部份风湿免疫病相关的疑难杂症和危重病患者的诊治。至今已培养内科学风湿病专业硕士研究生三十余人。

方向八、传染病：为中华医学会感染病学分会委员单位，浙江省重点实验室依托单位，浙江省感染病学科建设优秀单位，温州市终末期肝病预警及干预治疗研究创新团队，温州医科大学附属第一医院肝纤维化、肝硬化、脂肪肝治疗品牌团队，在国内感染病学届享有很高的学术影响力。主要研究方向有：干细胞移植治疗终末期肝病研究、肝纤维化及肝衰竭的基础与临床研究等，研究水平国内领先。