农业工程与信息技术领域包括农业（渔业）机械化、农业（渔业）信息化和农业（渔业）设施化三个方向，分别由船舶与机电工程学院、数理与信息学院、国家海洋设施养殖工程中心负责招生和培养。

（1）农业（渔业）机械化

本方向依托浙江省一流学科机械工程、浙江省海洋渔业装备技术研究重点实验室等平台开展研究生教育，学位点是全国农林海洋高校研究生教育水产渔业协作组组长单位和舟山市国家渔业科技装备创新联合会副会长单位，拥有30余位指导教师。

本方向主要以渔业设施设备的机械化、自动化、智能化研究、开发与技术推广为目的，旨在为渔业装备设计、生产、管理等单位培养高层次复合型应用型人才。主要研究内容有：渔船捕捞机械、水产养殖机械、水产品加工机械、渔业电子仪器等。

本方向由海洋工程装备学院负责培养，主要招收机械类、电子电气类、农业工程类、海洋水产类本科毕业生。

（2）农业（渔业）信息化

农业信息化方向依托“浙江省海洋大数据挖掘与应用”重点实验室、“浙江省海洋电子技术应用创新团队”和与中科院电工研究所联合建立的“海洋能综合利用技术联合实验室”以及“智慧海洋”海上综合试验平台、智慧海洋协同创新实验室、海洋卫星装备与应用研发实验室、云计算与大数据创新实验室、海洋通信实验室等，以及一批校内外实践基地开展研究生教育。现有校内硕士生导师26人，其中国家级人才2名，省级人才2名，正高职称13人，校外导师3人。

本方向主要研究内容有：渔农业大数据综合利用技术、海洋互联网应用开发技术、模式识别与智能信息处理、海洋灾害检测与预防技术、海洋通信技术、海上物联网技术等。

毕业生就业主要面向各类电子信息科技企业、计算机软件开发公司、互联网公司、渔业信息技术开发公司、大数据运营公司、云技术开发公司等各类高科技企业，以及通信公司、各种交易所、科技园区、交通等行业管理部门及事业单位。

（3）农业（渔业）设施化

农业（渔业）设施化方向依托“国家海洋设施养殖工程技术研究中心（以下简称中心）”，与挪威生命科学大学、日本东京海洋大学、英国思克莱德大学、中国水产科学研究院、中国科学院海洋研究所等国内外知名高校和研究院所开展合作，共同培养具有国际化视野和较强的一线作业技能的专业硕士学位研究生。

中心组建于2011年12月，由国家科技部批准立项建设，下设海洋养殖工程装备技术研究所、海水养殖技术研究所、养殖环境与病害技术研究所、养殖产品精深开发技术研究所、海洋养殖工程新材料研究所共5个研究所。拥有科研和研发基地建筑总面积12000余平方米，仪器设备总价值5000余万元。现有研发科技人员115人，其中固定人员75人，流动人员40人。科技人员中正高职称35人，副高职称33人，欧亚科学院院士1人，国家千人计划获得者1人，中组部专家1人，国务院特殊津贴获得者3人，高校中青年学科带头人10人，浙江省新世纪“151”人才等30余名。本方向面向全国招收有志于在养殖工程装备、智慧养殖装备、种质种苗、饲料与营养、鱼类养殖生物学、养殖生境保护、养殖病害与健康、养殖水产品加工、水产品冷链物流与保鲜、水产品高值化利用、海洋防污损新材料、生物新材料等方向深造的优秀学生，学制3年（特别优秀学生可申请提前毕业）。学生专业背景可涵盖水利工程类、海洋类、水产类、生物类、环境科学类、食品科学与工程类、机械与自动化类、信息工程类、材料类等广泛的专业。

中心为国家创新人才培养示范基地，目前依托中心建设的有海洋科学、水产、农业（渔业）设施化等一流学科专业，与挪威生命科学大学、日本东京海洋大学、英国思克莱德大学、中国水产科学研究院、中国科学院海洋研究所等国内外知名高校和研究院所开展合作，共同培养具有国际化视野和较强的一线作业技能的专业硕士学位研究生。