食品科学与工程一级学科下自主设置的食品与天然产物化学二级学科是一个日益交叉融合扩展的学科领域，对推动食品与天然产物的结构、物理化学性质、分离检测技术及生物合成途径及其营养、安全性的理论与应用研究有重要的支撑意义。我校设置的食品与天然产物化学二级硕士点依托化学工程学院及校级应用化学重点实验室进行建设,目前有功能食品与助剂、天然产物资源开发、食品安全与检测3个研究方向。将提升应用现代化学与物理方法开展新疆特色食药两用天然产物资源、功能食品与安全食品添加剂研究的层次，将促进我校大农口学科群的发展，并将为培养我区相关高层次研究与开发人员做出一定贡献。

       食品科学领域中，食品化学是从化学的角度和分子水平上研究食品中各种成分的结构、理化结构、营养作用、安全性及可享受性，以及各种成分在食品生产、食品加工和储藏期间的变化及其对食品营养性、享受性和安全性影响的科学。而天然产物化学是研究天然产物的化学组成、结构分类、物理化学性质、提取分离方法、检识技术、结构分析鉴定及生物合成途径的一门科学。二者在定义上有区别，研究领域也有不同，但二者的研究、技术和应用也有密切相关之处，因此二者的交叉融合也体现了学科方向的特点。食品和天然产物化学是食品科学与技术与化学，特别是食品化学与天然产物化学交叉与融合的结果，是利用化学的理论、研究方法和手段来探索食品科学问题的学科。食品和天然产物化学与传统食品科学、有机化学的区别在于是以天然产物及其有机小分子为研究对象，通过化学方法和食品科学技术手段研究这些物质在食品领域的基本理论与应用，了解有机化合物分子与其在功能食品的特点，进而包括与生物大分子的相互作用的本质和机制。它结合了传统的天然产物化学、生物有机化学、生物无机化学、生物化学、药物化学、晶体化学和波谱学等学科的部分研究方法，从而大大拓宽了研究领域，是食品科学与工程技术研究的补充和发展。