科学研究条件优良。学校拥有高水平的科学研究平台——牡丹江医学院医药研究中心。有黑龙江省重点实验室、黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省高校重点实验室、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心、黑龙江省博士后创新创业实践基地、牡丹江市北药开发实验基地等。

    科研能力不断增强。学科研究方向持续稳定，特色鲜明。2008年以来，获得科研立项近500项，国家自然科学基金项目49项，科技部、教育部等省部级项目45项，科研经费充足。发表学术论文3309篇，被SCI、EI、ISTP收录255篇，最高影响因子达到7.636。主编、参编教育部、卫生部等规划教材近百部。获得各级各类科学技术奖励150余项。2009年，我校合作获得国家技术发明二等奖，实现了我校在国家级奖励的突破。