牡丹江医学院设有8个二级学院、4个公共教学单位、1个科研中心、2所直属附属医院、5所非直属关系附属医院、40所实习医院。

二级学院：

001  基础医学院

002  临床医学院

003  医学影像学院

004  药学院

005  护理学院

006  公共卫生学院

007  卫生管理学院

008  口腔医学院

科研中心：

009医药研究中心

公共教学单位：

010  思想政治教研部

011  外语教学部

012  体育教学部

013  教育技术与信息中心

直属附属医院：牡丹江医学院红旗医院、牡丹江医学院附属第二医院

非直属关系附属医院：牡丹江市第一人民医院、牡丹江林业中心医院、哈尔滨是第一医院、绥化市第一医院、大庆油田总医院

    学校拥有高水平的科学研究平台——牡丹江医学院医药研究中心。有黑龙江省重点实验室、黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省高校重点实验室、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心、黑龙江省博士后创新创业实践基地、牡丹江市北药开发实验基地等。

黑龙江省重点学科
一级学科    
基础医学：涵盖人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、免疫学、病原生物学
生 物 学：涵盖生理学、生物化学与分子生物学、遗传学、细胞生物学
药    学：涵盖药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学
二级学科
内科学：涵盖心血管病、血液病、呼吸系病、消化系病、内分泌与代谢病、肾病、风湿病和传染病8个学科方向

外科学：涵盖普外、骨外、泌尿外、胸心外、神外、整形、烧伤、野战外8个学科方向

影像医学与核医学：涵盖普通放射学、X线计算机断层扫描（CT）核磁共振成像（MRI）、超声医学、核医学及介入放射学6个学科方向
  

    我院还有临床技能训练中心、基础医学实验中心、药学实验教学中心是省级教学示范中心。机能学实验教学团队和内科学教学团队是省级教学团队。医学影像学医工结合人才培养模式是省级人才培养模式创新实验建设项目。