001基础医学院

002公共卫生学院

003药学院

004中医学院（含附属中医医院）

005马克思主义学院

006护理学院

007维吾尔医学院

012医学工程技术学院

013第一临床医学院

014第二临床医学院

015第三临床医学院

016第五临床医学院

017第六临床医学院

018第七临床医学院

019第八临床医学院

020新疆维吾尔自治区人民医院（非隶属医院）

021新疆军区总医院（非隶属医院）

022新疆生产建设兵团医院

023儿科学院

024口腔医学院

025健康管理学院

027新疆维吾尔自治区儿童医院（非隶属医院）