我校科研工作根据 “立足甘肃，面向全国、以应用基础研究为重点，以工程应用型研究为核心，以技术创新为突破口，聚集多学科力量，组建工程技术中心，开发高新技术，加快科技成果转化，抢占科技高地” 的科研指导思想，学校成立了 1 个国家工程技术研究中心——“国家绿色镀膜技术与装备工程技术研究中心”、1个教育部工程研究中心——“寒旱地区水资源综合利用教育部工程研究中心”、3 个省级工程技术研究中心——“ 甘肃工业交通及自动化工程技术研究中心 ”、“甘肃省物流及运输装备信息化工程技术研究中心”、“甘肃网络技术测试研究中心 ” 、和 88 个校级研究所（中心）。同时还有 “ 光电技术与智能控制教育部重点实验室 ” 和“铁道车辆热工教育部重点实验室 ” 、“ 甘肃省高原交通信息工程及控制重点实验室 ” 、“甘肃省道路桥梁与地下工程重点实验室”、“ 结构试验中心铁道部重点实验室 ” 、“ 环境工程测试中心铁道部重点实验室” 、“通信与自动化实验室铁道部重点实验室 ”7 个省部级重点实验室。学校根据自身的优势学科和科技实力，今后将重点为甘肃省和西部地区的铁路、公路、地铁、高架轻轨、近郊铁路、大型立交桥、环境工程建设、机电技术、工业自动化控制及信息网络技术方面提供智力和技术支持；在西部基础设施建设的若干相关领域的关键技术上实现对接，着力解决西部铁路、公路在筑路设计施工、过山隧道、大跨度新型桥梁设计、列车提速、铁路行车自动化控制、调度通信、交通信息、运输组织与管理、信息及网络工程等研究领域和关键性技术研究。 
     学校抓住西部大开发，教育大发展的有利时机，依托 “土木工程” 、“ 交通运输工程 ” 、“ 环境工程 ”等九个省级重点学科，审时度势，在相关领域做出了令同行瞩目并且在西北处于领先地位的学术、科研成绩，并涌现出一大批教学科研成绩卓著的学术带头人，形成了稳定坚实的学术科研梯队。学校在新型桥梁与结构、结构抗震、水文及河流动力学、工程新材料、系统工程及运筹学、机电一体化、信息工程、工业控制、交通信息组织与自动化、水质处理和水资源及固体废弃物处置与处理、城市交通、运输包装、产业经济学、物流管理等方面已形成了稳定的研究方向。 
     兰州交通大学充分发挥大交通学科的优势，走出校门，面向社会，积极投入经济建设主战场，直接参与市场竞争，向市场要效益，找企业要课题，走 “产学研” 结合的道路，促进了学校科研工作的蓬勃发展。近五年，全校共承担各级各类科研项目 1835 项，其中国家级项目 46 项；科研经费达 5.1 亿元，科研经费有了大幅度的提高；全校教师共发表学术论文 6980 篇，其中被三大检索收录 752 篇，出版教材、专著 230 部；通过鉴定的科技成果 121 项，申请国家专利 51 项；获省部级以上成果奖 57 项。学校是全国第一所参与青藏铁路建设的高等院校，承担科研项目 30 余项，经费达 1000 万元。 
学校广泛开展国内外学术活动，华中科技大学杨叔子、李培根院士、武汉大学宁津生、张祖勋院士、北京大学唐孝炎院士、浙江大学朱位秋院士、中国科学院吴宏鑫、马志明院士、中国工程院俞大光、谢礼立、朵英贤、梁文灏等院士和众多国内外知名学者、专家先后来我校做学术报告、学术交流。