学校先后承担联合国全球环境基金、欧盟项目、国家重点研发计划、国家973计划、863计划、科技支撑计划、公益性行业科研专项、国务院农改办、国家基金重点项目等各级各类项目3604余项，科研经费达15亿元，获国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖、联合国粮农组织（FAO）科学研究一等奖、国际农业研究（CGIAR）杰出科学奖、何梁何利科学技术进步奖、云南省科学技术杰出贡献奖、云南省科技进步特等奖等国际、国家及省部级奖励461项。审定登记滇撒猪配套系、龙陵黄山羊、武定乌骨鸡、水稻、玉米、马铃薯、小麦、甘蔗、大豆、蔬菜、花卉、药用植物、牧草等动植物新品种（系）190个。发表论文27992篇，其中SCI等高质量论文4350篇。获授权专利1545件，其中发明专利345件。同时，学校立足云南生物资源优势，围绕省委省政府重大战略目标和“三农”发展需求，致力于重大科学问题理论创新、产业关键技术研发、产学研相结合与农科教一体化的社会服务体系机制创新，为高原特色现代农业产业发展提供人才科技和智力支撑。其中，朱有勇院士团队创建了农业生物多样性控制病虫害理论与技术，研究成果在《Nature》作为封面文章发表，在国内大面积推广应用累计达3.02亿亩，突破作物品种单一化种植重大难题，成为世界上利用生物多样性控制病虫害的成功典范，获国家科技进步二等奖、国家技术发明二等奖等奖励；李铮友教授等率先育成中国第一个水稻雄性不育系，并首先实现我国杂交粳稻“三系”配套，获全国科学大会奖，创造了杂交粳稻单产1108.55千克的世界纪录，率领团队育成品种40多个，累计推广3000多万亩；盛军教授团队围绕茶叶等特色生物资源，通过建立茶树基因组数据库，系统阐释了茶树起源、演化以及茶树基因迁徙规律，阐明普洱茶降血脂、降血糖、减缓糖尿病并发症机理，开发普洱茶系列深加工产品，发掘辣木、铁皮石斛、玛咖等新资源，实现了创新引领产业升级发展；魏红江教授团队构建基因编辑和体细胞克隆技术，与美国合作获得了世界第一批内源性逆转录病毒失活克隆猪，并在《Science》上以封面文章发表，同时获得了人类系统性红斑狼疮、杜氏肌营养不良症、侏儒症等多种小型猪疾病模型。