学校下设第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院（原深圳临床医学院、附属深圳中医院）、基础医学院、中药学院、针灸康复临床医学院、护理学院、经济与管理学院、马克思主义学院、医学信息工程学院、体育健康学院、临床药理研究所、热带医学研究所、脾胃研究所、中药资源科学与工程研究中心、国际中医药转化医学研究所、实验动物中心、科技产业园等。

可招收研究生的非直属附属医院有：附属佛山中医院、附属中山中医院、附属广东第二中医院、附属广州中医院、附属东莞中医院、附属广东中西医结合医院、附属广州中西医结合医院、附属清远中医院、附属茂名中医院、附属湛江第一中医院、附属湛江第二中医院、附属宝安中医院、附属海南中医院、附属三亚中医院、附属重庆北碚中医院、附属海口中医院、附属汕头中医院等。

可招收研究生的合作医院有：祈福医院、广州军区广州总医院、深圳龙岗中心医院、深圳沙井人民医院、深圳儿童医院、广州中医药大学深圳医院（深圳福田区中医院）、广东省人民医院等。

现有国家中药现代化工程技术研究中心（合作）1个，科技部重点实验室、研究中心、基地3个，教育部现代中成药工程技术中心1个，省部共建重点实验室“中药资源科学”1个，国家药品临床研究基地3个。

学校拥有一级学科国家重点学科1个，二级学科国家重点学科5个，是全国中医药高校仅有的拥有一级学科国家重点学科中医学的2所高校之一，也是广东省内建有一级学科国家重点学科的3所高校之一。学校还拥有一级学科省重点学科2个、二级学科省重点学科1个，国家中医药管理局重点学科10个。

广州中医药大学成立于1956年，是全国首批成立的4所中医药高等学府之一，也是国内首批具有硕士、博士学位授予权的高校之一。现拥有中医学、中西医结合、中药学3个一级学科博士学位授予权，3个博士后科研流动站；博士学位授权学科专业19个、硕士学位授权学科专业46个。博士学位授权点覆盖了中医学、中西医结合以及中药学3个一级学科项下的所有二级学科，硕士学位授权点覆盖了中医学、中西医结合、中药学、临床医学、药学和护理学六个一级学科项下的所有二级学科。此外学校还拥有科学技术哲学、思想政治教育、社会医学与卫生事业管理等非医学科专业硕士点，以及中医心理学、中医药信息学等自设二级学科专业。

拥有一支学术造诣高、技术力量强、年龄结构合理的研究生导师队伍，现有博士生导师241名、硕士生导师1112名。

在校生20000多人，其中研究生3485人，留学生及港澳台生近1000人。学校正向以中医药学科为主体、多学科协调发展的办学模式转变。