自然资源部第三海洋研究所（简称海洋三所）创建于1959年,是自然资源部直属的国家公益性综合型海洋科学研究机构，主要从事海洋基础研究、应用研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。海洋三所主要职责是：

1、开展海岛、海岸带、近海、大洋、极地综合科学调查、监测与研究，承担国家重大科技任务，建设重点实验室、工程技术创新中心、野外科学观测研究站等创新平台和创新基地。

2、开展沿海地区国土空间规划、海洋经济发展和海洋资源保护利用综合管理技术研究，承担推动海洋药物和生物制品产业发展的技术支撑工作。

3、开展海洋生物多样性和生态系统调查与研究，承担海洋生态保护与修复的技术支撑工作，开展海洋生态产品价值实现研究，承担相关规划编制、标准规范的研制等。

4、开展海洋与大气生物地球化学过程、全球变化与区域响应研究。

5、开展海岸与海洋环境演变与工程环境研究，开展海洋环境安全保障和防灾减灾应用技术研究。

6、开展海洋放射性污染、海洋生态灾害研究及技术研发工作。

7、开展海洋生物资源调查与评价，研发海洋生物资源利用关键技术与转化应用。

8、建设与运行国家菌种资源库海洋微生物菌种库、国家海洋专项生物样品库、海洋标准物质库，在中国大洋事务管理局指导下运行管理中国大洋样品馆（生物）。

9、开展海洋科技人才培养，培育高水平科技创新人才队伍。

10、开展海洋科技国际合作与交流，参与相关国际组织合作，承担相关国际公约、条约、协定的磋商和履约的有关技术支撑工作，管理与运行APEC海洋可持续发展中心。

11、承办部交办的其他任务。

截至2022年12月，海洋三所在编职工427人，其中有中国工程院院士1人，享受政府特殊津贴专家3人，国家“百千万人才工程”2人，国家优秀青年科学基金获得者1人，自然资源部高层次科技创新人才工程11人，福建省特级后备人才1人，福建省“百千万人才工程”4人，福建省杰青6人，厦门市拔尖人才5人，具有副高级职称以上科技人员249余人，具有博士学位人员193人。海洋三所是1984年国务院学位委员会批准的硕士学位授予单位，拥有海洋科学1个一级学科硕士学位授予点和微生物学和环境科学2个二级学科硕士学位授予点，并与清华大学、中国科技大学等高校联合招收博士研究生，在读硕、博士研究生260余人，建有博士后科研工作站，在站博士后10余人。

海洋三所重点发展深海生物研究与海洋生物资源开发利用、全球变化与区域海洋响应、海洋生物多样性与生态系统保护、应用海洋学四个学科领域12个研究方向，建有自然资源部重点实验室2个、自然资源部工程技术创新中心1个、福建省重点实验室1个和自然资源部野外科学观测站2个，以及面向服务经济社会建设为主的厦门海洋工程勘察设计研究院有限公司。在深海微生物研究、海洋-大气化学与全球变化等学科领域居全国领先地位，部分成果达到国际先进水平；海洋生物多样性和生态系统保护与修复研究及应用具明显优势，部分领域处于全国领先水平；海洋生物资源开发利用技术独具特色，一批专利实现成果转化，在国内处于先进水平；在台湾海峡、南海等区域海洋学研究方面研究成果突出，海洋声学等领域在国内具有一定的学科优势。经过60多年的发展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已经成为我国海洋科学研究的重要力量，在国际上具有一定的知名度，为我国海洋科技发展、海洋综合管理、海洋经济发展、海洋权益维护和海洋生态文明建设做出了重要的贡献。 

海洋三所先后与美、德、法、日等30多个国家以及我国台湾、香港等地区的有关机构建立了交流与合作关系。近年来，积极响应国家“一带一路”倡议，先后与印度尼西亚、泰国、马来西亚等沿线国家开展了50多个航次的联合调查与研究。主办出版中国自然科学核心期刊《应用海洋学学报》，同时是国家海洋标准委员会生物资源开发与保护分技术委员会、中国海洋学会海洋生物资源专业委员会、中国海洋工程咨询协会环境生态专业委员会，中国太平洋学会危险品与放射性评估分会、中国生态学会海洋生态专业委员会以及福建省海洋学会的依托单位。

海洋三所保藏有我国迄今为止最大的灰鲸标本和十万多份生物标本，拥有国家级深海微生物资源库，国内最先进的4500吨级海洋综合科学考察船“向阳红03”船自2016年3月建成并投入使用以来，已圆满完成了多个综合调查航次任务。

海洋三所持有国家级《检验检测机构资质认定证书》《ISO9001:2015质量管理体系认证证书》、甲级《工程勘察证书（海洋工程勘察）》、甲级《工程设计资质证书（海洋行业-沿岸工程）》、甲级《测绘资质证书（海洋测绘）》、乙级《工程咨询单位资信证书-生态环境与建设工程及其他（海洋工程）》等各类技术咨询服务证书，为海洋发展规划、环境保护规划、海洋生态保护与修复工程和重大涉海基础建设项目等提供了大量技术支撑服务，为我国国民经济建设和海洋生态文明建设做出了应有贡献。