学校设有中医学院、针灸推拿学院 （康复医学院）、中西医结合学院（生命科学学院）、药学院、医药信息工程学院（网络信息中心）、医药经济管理学院、护理学院、人文与国际教育交流学院、继续教育学院（成人教育学院）、马克思主义学院、创新创业学院、体育部、第一临床医学院（第一附属医院、安徽省中医院）、第二临床医学院（第二附属医院、安徽省针灸医院）、第三临床医学院等院系。   

我校是国家中医临床研究基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地。现有12个省级科技创新团队，牵头建设合肥综合性科学中心大健康研究院新安医学与中医药现代化研究所，建有新安医学教育部重点实验室、安徽省道地中药材品质提升省部共建协同创新中心、中药复方安徽省重点实验室等51个省部级科研平台。安徽省中医药科学院建有19个研究所、2个分院和3个研究中心。

学校现有安徽省Ⅱ类、Ⅲ类高峰学科各1个，安徽省高峰培育学科4个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个，安徽省A类重点学科1个，安徽省B类重点学科12个，进入ESI全球排名前1%学科2个。有国家中医区域医疗中心1个，国家区域中医（专科）诊疗中心3个，国家临床重点专科9个，国家中医药管理局重点学科17个、重点专科22个。

学校可授予医学、理学、工学、管理学、经济学、文学等学士学位，可授予医学硕士学位、医学博士学位。

学校现有教职工4754人，其中副高以上职称人员961人。有国医大师2人，国家杰青1人，岐黄学者1人，全国名中医4人，青年岐黄学者3人，皖江学者1人，青年皖江学者3人，省特支计划创新领军人才10人，省杰青5人，省优青4人，国家名老中医学术经验项目指导教师56人，享受国务院特殊津贴27人、省政府特殊津贴12人，安徽省领军人才团队3个，省“115”产业创新团队8个。有博士生导师144人，硕士生导师926人，博士后流动工作站2个。

学校现有全日制学生19502人（含博士生135人、硕士生3151人）。