学校现有国家级特色专业1个、省级特色专业9个、国家级一流专业4个、省级一流专业10个、国家级专业综合改革试点专业1个、省级专业综合改革试点专业11个，国家临床重点专科1个，省级重点学科2个、国家中医药管理局重点学科1个、省级重点专科、重点培育专科20个，5个专科入选中国医院科技量值专科百强。现有国家级虚拟仿真实验教学项目1个、省级虚拟仿真实验教学项目15个、省级人才培养模式创新实验区1个、省级教学团队16个、课程思政教学团队2个、省级卓越人才教育培养计划7项、省级“六卓越、一拔尖”卓越人才培养创新项目6个、省级精品类课程41门、省级一流课程25门、省级智慧课堂（含试点项目）12门、省级示范实验实训中心7个。有10个省级科研平台：安徽省多糖药物工程技术研究中心、活性生物大分子研究安徽省重点实验室、大学生心理健康教育研究中心安徽省人文社科重点研究基地、重大疾病非编码RNA转化研究安徽省普通高校重点实验室、安徽省皖南地区植物药活性筛选与再评价工程实验室、老年疾病国家临床医学研究中心安徽分中心、安徽省危重症（呼吸疾病）临床医学研究中心、中药药理三级实验室、安徽省药物临床评价中心、国家药物临床试验机构。公开出版《皖南医学院学报》《中国临床药理学与治疗学》2种学术期刊。