学校拥有1个全国重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个国家发改委工程研究中心、1个省部共建国家重点实验室、1 个国家临床医学研究中心（眼科疾病）、2个教育部省部共建协同创新中心、1个国家药监局重点实验室、2个国家级国际科技合作基地、1个国家级中医药平台和45个省部级科研平台。

学校位列ESI全国高校综合排名第70位，药理学与毒理学、临床医学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、材料科学、神经科学与行为学、化学、免疫学、工程学、环境与生态学、微生物学、农业科学等12个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学、药理学与毒理学进入前1‰。

学校拥有1个学科确定为省登峰学科；有2个省优势特色学科，2个省一流学科A类，6个省一流学科B类，1个省重点建设高校优势特色学科，2个省“重中之重一级学科”，10个省高校重点学科。

学校1958年开始招收五年制本科学生，1978年招收硕士研究生，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程一级学科博士点和临床医学、医学技术专业学位博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理学等11个一级学科硕士点，临床医学、生物医学工程、口腔医学、护理、药学、公共卫生、应用心理、医学技术等8个专业硕士学位授权点；设有临床医学和药学一级学科博士后科研流动站。

       学校坚持以社会需求为导向，以百姓满意为宗旨，着力培养有情怀有自信、能做事能创新的优秀医学人才。学校设有30个本科招生专业，2个“5+3 ”本硕一体化专业，1个临床医学中外合作办学专业。有在校本专科生16941人（全日制，不含独立学院——温州医科大学仁济学院），研究生8710人（含博士研究生950人），学历教育留学生648人。学校已形成从本科生到硕士生、博士生及博士后，从全日制到成人教育、留学生和港澳台学生教育全方位、多层次的人才培养体系。人才培养质量稳步提升，临床医学类毕业生参加国家执业医师资格考试通过率一直位居全国前10%。据省教育考试院最新数据，我校2020届毕业生毕业三年后就业竞争力综合评价指标均列浙江省普通本科院校第一，其中有24项考核指标列浙江省普通本科院校第一。