学校充分发挥林科优势，服务国家生态文明建设和林业高质量发展，着力打造基础研究、应用开发和成果转移转化创新链，在科学研究、科技创新和社会服务等方面取得显著成绩。学校现有机电产品包装生物质材料国家级工程中心、林木遗传与生物技术教育部重点实验室、林产化学与材料省部共建国际创新高地、南方现代林业省部共建协同创新中心、国家木竹产业技术创新战略联盟、国家桂花种质资源库等10余个国家层级创新平台，获批江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室、特种经济树种培育与利用工程技术研究中心、有害生物入侵预防与控制工程中心、速生木材及农作物秸秆材料工程技术研究中心、观赏主题木本花卉产业技术创新战略联盟、林业资源高效加工利用协同创新中心、特色果树产业技术体系以及国家林业和草原局南方林木种子检验中心、林业遗产与森林环境史研究中心、农业农村部政策与改革合作研究基地等50余个省部级创新平台，组建中国特色生态文明建设与林业发展研究院等60余个校级研究机构。“十三五”期间，学校每年主持承担各类科研课题1000多项，主持国家重点研发计划项目2项、课题25项，国家自然科学基金308项，国家社科基金23项；授权发明专利1211件，审定省级良种42个，制/修订国家标准33项。多年来，学校380余项科技成果获国家和省部级奖励，其中：国家发明一等奖1项，二等奖2项；国家自然科学奖二等奖1项；国家科技进步一等奖5项，二、三等奖52项。教育部高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）二等奖2项；学校主办公开发行学术刊物《南京林业大学学报(自然科学版）》《南京林业大学学报(人文社会科学版)》《林业工程学报》和《室内设计与装修》，以及《Journal of Bioresources and Bioproducts》（JB&B）英文刊。其中，《南京林业大学学报(自然科学版)》和《林业工程学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊、CSCD和SCD核心期刊，《南京林业大学学报(人文社会科学版)》为SCD核心期刊，《室内设计与装修》为中国科技核心期刊。《南京林业大学学报（自然科学版）》入选2017-2020“中国精品科技期刊（F5000来源刊）”，JB&B英文刊被多个国际数据库收录。

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