河海大学下设水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、信息学部（计算机与信息学院）、力学与材料学院、地球科学与工程学院、农业科学与工程学院、海洋学院、理学院、商学院、公共管理学院、法学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、机电工程学院、信息学部（物联网工程学院）等院系。

实验教学对于学生知识的学习、能力的培养和素质的养成至为关键，对于培养学生的实践能力和创新能力尤为重要。长期以来，学校依据“集中投入、早出效益、优化配置、共建共享”的建设原则，不断更新实验教学仪器设备，逐年完善教学实验室基础设施，积极推进开放式实验教学的实施进程。目前学校有9个国家级以及省部级重点实验室、5个国家级以及省部级工程研究中心；在“九五”“211工程”建设的基础上，近年来累计投入5000万元专项经费，优先完善基础课实验教学条件，及时开展新增专业实验室建设，大力推进专业创新实验室和工程训练中心建设。为了进一步落实创新能力培养措施，学校还重点加强了力学创新思维训练室、水力学创新实验室、水利水电专业创新实验室、土木工程专业创新实验室、机电类创新实验室和电子信息创新实验室的建设。国家工科基础课程（力学）教学基地通过七年的建设，形成鲜明的特色，2004年5月通过国家验收并被评为“优秀教学基地点”。各类功能的教学实验室配备完善，仪器设备先进，数量配置合理，设备利用率高，在人才培养中发挥了重要作用。 “九五”以来，学校坚持“强基、扬优、扶新、重软”的学科建设方针，紧密结合国家经济建设与社会发展需求，围绕培养高素质人才、创造一流科研成果、提供一流社会服务这三大任务，加强学科方向、学科梯队、学科基地三个方面的建设。学科基地是学科发展的重要支撑条件，科研实验室是学科基地的重要组成部分，在学科基地建设中，学校有计划的培植一批力争成为国家和省部级重点实验室的科研实验室，有重点的建设一批校级重点实验室，加强大型仪器设备公共服务体系的建设，促进科研实验室的资源共享与开放服务，取得了显著成效，提升了学校总体办学水平。

目前，各类学历教育在校学生3万余名，其中研究生8487名，本科生18448名。