奖学金。设有国家奖学金、行业奖学金（张光斗优秀学生奖学金、潘家铮水电奖学金、刘光文奖学金、慧延教育科技基金奖学金等）、南科院奖学金（学术奖学金、学业奖学金、单项奖学金等）、南科院优秀毕业生、南科院优秀论文等。

助学金。全日制非定向博士研究生助学金2300元/月，全日制非定向硕士研究生助学金1800元/月，每年发放12个月。

助研费。导师根据研究生承担的科研任务和完成的工作质量，全日制非定向博士研究生助研费发放标准为1500元/月～2000元/月，全日制非定向硕士研究生助研费发放标准为1100元/月～1500元/月。免费办理大学生医保和商业意外保险，享受本院职工同等医疗报销待遇，免住宿费等。

论文基金。为促进我院拔尖创新人才培养，支持研究生潜心从事科学创新研究，提升研究生学位论文质量，培育优秀学位论文，为每位研究生设立论文基金项目。学位论文发展基金项目硕士1万，博士2万；学位论文创新基金项目硕士3万，博士6万（每年不超过10项）。两类项目不兼得。