学校积极推动“体教融合”人才培养创新。率先建成世界唯一的专门以乒乓球为专业的高等教育机构——中国乒乓球学院，并被国际乒联认定为最高学院级附属培训基地。与国际手联和国际田联分别共建国际手球学院和国际田联特训认证中心；与中国篮协、中国田协、中国羽协、中国体操协会和中国铁人三项协会分别共建中国篮球学院、马拉松学院、羽毛球学院、体操学院和铁人三项学院，是中长跑项目“国家高水平体育后备人才基地”。建有国家级和上海市实验教学示范中心各1个。大力培养体育特色创新创业人才，是首个荣获中国“互联网+”大学生创新创业大赛“青年红色筑梦之旅”赛道全国金奖和全国唯一“乡村振兴奖”的体育类高校，并在主赛道实现同类高校零的突破获得全国银奖。设立拔尖创新人才培养新模式“蕴瑞学苑”。学校和上海绿地申花足球俱乐部共建绿地申花上体女子足球队。历年来培养了一批国际知名教练员，如施之皓、孙海平、陈忠和、王跃舫、孙荔安、沈富麟、马良行等。

学术创新水平位居领先地位。近年来，共获得国家科学技术进步奖3项。国家自然科学基金、国家哲学社会科学基金立项数处于同类高校领先水平，是首个获得国家自然科学基金重点项目立项的体育类高校，先后承担国家社会科学重大项目和教育部人文社科重大项目11项。是科技部国家重点研发计划“科技冬奥”、“主动健康”等重点专项的项目主持单位和20多项课题研发单位，是唯一荣获“中国冰雪科技联合攻关单位”的体育类高校。建立世界顶级体育学术期刊平台，《运动与健康科学（英文版）》影响力位居SCI学科库第二、SSCI学科库第一，荣获“第五届中国出版政府奖期刊奖提名奖”，连续在“中国最具国际影响力学术期刊（人文社会科学）”排名第一。体育学、心理学和反兴奋剂上海研究院，分别入选上海市教育委员会高峰学科、高原学科和IV类高峰学科。建有高水平科研平台，国家兴奋剂检测上海实验室设在我校，建有省部级重点实验室4个、省部级哲学社会科学（含体育产业）基地7个，上海市协同创新中心、前沿科学研究基地各1个。