全日制硕士研究生(不含生态学双硕士项目)，学费标准为每生8000元/年；非全日制硕士研究生招生专业学费标准：林业、资源利用与植物保护、翻译专业为每生12000元/年；风景园林、农业工程与信息技术、农业管理、工业设计工程、工程管理、法律（非法学）专业为每生15000元/年；艺术设计专业为每生18000元/年；会计专业为每生25000元/年。博士10000元/年的标准收取学费。研究生奖助体系详见《东北林业大学研究生培养机制改革方案（试行）》。“东北林业大学（东林）-奥克兰大学（奥大）”生态学双硕士项目学费标准：国内学习期间学费78000元/年，出国后，按奥克兰大学当年学费标准收取。