学校拥有优良的教学科研基地和实践教学基地。有林木遗传育种国家重点实验室（东北林业大学）、黑龙江帽儿山森林生态系统国家野外科学观测研究站、生物资源生态利用国家地方联合工程实验室（黑龙江）；有森林植物生态学、生物质材料科学与技术、东北盐碱植被恢复与重建3个教育部重点实验室，4个国家林业局重点实验室，5个黑龙江省重点实验室；有1个教育部工程研究中心，3个国家林业局工程技术研究中心，1个高等学校学科创新引智基地，有林学、森林工程、野生动物3个国家级实验教学示范中心，森林工程、野生动物2个国家级虚拟仿真实验教学中心，6个省级实验教学示范中心；有3个国家林业局生态系统定位研究站，1个省生物质能技术中试基地，1个省哲学社会科学研究基地，3个省级普通高校人文社会科学重点研究基地，2个省中小企业共性技术研发推广中心，1个省级智库；另有国家林业局野生动植物检测中心、国家林业局木工机械检测站等60个研究检测机构；有帽儿山实验林场、凉水实验林场等7个校内实习基地和296个校外实习基地。