本所根据《财政部 国家发展改革委 教育部关于完善研究生教育投入机制的意见》（财教〔2013〕19号）、《国家发展改革委 财政部 教育部关于加强研究生教育学费标准管理及有关问题的通知》（发改价格〔2013〕887号）和《关于我省研究生教育学费标准及有关问题的通知》（辽价发〔2014〕41号）文件精神，对新招收研究生实行收费政策，硕士每人8000元/年。本所在编在职人员攻读我所硕士学位研究生继续执行不收学费政策。硕士研究生在读期间享有助学补贴500元/月。专业为水声工程专业，学制为2.5年，第一年在哈尔滨工程大学水声工程学院学习基础课和专业课，余下时间在本所续修重点专业课，并完成学位论文工作。从2016年起自培硕士研究生改为自主择业，实行双向选择，优秀毕业生可以留本所工作。