学校现有产业经济学、会计学和财政学3个国家级重点学科；有数量经济学一个国家重点（培育）学科；有理论经济学、应用经济学、管理科学与工程、工商管理4个省部级重点一级学科。

东北财经大学现有理论经济学、应用经济学和工商管理3个一级学科博士后流动站；有理论经济学、应用经济学、工商管理和管理科学与工程4个一级学科博士学位授权点，下设38个二级学科博士学位授权点（含自主设置16个）；65个二级学科硕士学位授权点（含自主设置21个）。在33个专业招收博士研究生（详见2011年博士研究生招生专业目录）；54个专业招收硕士研究生（详见2011年硕士研究生招生专业目录）。