北京农学院现有果树学、临床兽医学、农业经济管理、农产品加工及贮藏工程、园林植物与观赏园艺5个北京市重点建设学科；有农业部都市农业（北方）重点实验室、农业应用新技术北京市重点实验室、兽医学（中医药）北京市重点实验室、农产品有害微生物及农残安全检测与控制北京市重点实验室、奶牛营养学北京市重点实验室、农业生物制品与种业中关村开放实验室、食品质量与安全北京实验室、北京市乡村景观规划设计工程技术研究中心、北京市农村远程信息服务工程技术研究中心（共建）、北京市中兽药工程技术研究中心（共建）、北京市果树良种繁育工程技术研究中心（共建）、北京市食品安全免疫快速检测工程技术研究中心（共建）、蛋品安全生产与加工北京市工程研究中心（共建）、微生态制剂关键技术开发北京市工程实验室（共建）、北京新农村建设研究基地、首都农产品安全产业技术研究院、北京都市农业研究院、北京市大学科技园等18个省部级科研机构和成果转化基地；有1个农业部现代农业技术培训中心，1个国家级科技特派员创新创业培训基地。

    学校紧密围绕首都新农村建设和都市型现代农业发展需求，积极开展农业科技创新和科学研究，努力打造和完善都市型现代农业科技创新体系。近几年，学校承担了“973”计划、“863”计划、国家科技支撑计划、国家重大转基因专项、农业行业产业技术体系、国家自然科学基金、国家社会科学基金等一批高水平国家级项目。都市型现代农业理论研究、作物品种研究、肉牛转基因体细胞克隆技术、中兽药和生物农药等方面在国内行业处于领先水平。学校共获得国家科技进步奖2项、国家技术发明奖1项，省部级科技成果一等奖6项，重点解决了一批北京乃至全国都市农业发展中的重大问题和关键技术。