不区分院系所。

国防科技工业核材料技术创新中心、中国核数据中心、国防科技工业抗辐照应用技术创新中心、核数据测量与评价技术国防科技重点实验室、国家同位素工程技术研究（实验）中心、国家能源快堆工程研发（实验）中心、北京串列加速器核物理国家实验室、IAEA－CAEA核保障与核保安联合培训中心、IAEA－CAEA废物处理处置研究中心、国家核应急辐射监测技术支持中心、核保障领域IAEA网络实验室、国防科技工业电离辐射一级计量站

物理学、化学、核科学与技术三个一级学科及应用数学（二级学科）

原子能院现有物理学、化学、核科学与技术三个一级学科及应用数学（二级学科）博、硕士学位授予权，涵盖应用数学、粒子物理与原子核物理、放射化学、核能科学与工程等16个专业。

拥有在职在岗博士研究生导师132名，硕士研究生导师258名。

现在院在读博士、硕士研究生1170余人。