首都儿科研究所前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以研究儿童保健、儿科疾病为重点，兼有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。1983年归属北京市卫生局。1986年附属儿童医院正式开院。全所（包括附属医院）现有员工910余人，其中专业技术人员占81 %，具有高级专业技术职务的有130余人。所内有国家级和市级突出贡献专家6人。研究所和附属儿童医院地处朝阳区雅宝路2号，占地面积28815平方米，建筑总面积107000平方米。上世纪90年代以来，首都儿科研究所先后10次获得北京市属科研院所“改革与发展”一等奖，8次获得“首都文明单位”称号。 研究所在40余年的发展中，确立了以“儿科保健群体医学研究”、“儿科疾病基因研究”和“儿科感染的实验诊疗研究”等有着明确科技创新特色的三支主力科研队伍，承担起国家、世界卫生组织和卫生部、北京市一系列关系到儿童常见疾病、人口健康的重大研究项目和任务。研究所近年来每年承担国家级、国际合作类、卫生部、北京市市级、卫生局级等课题百余项，其中一批优秀研究项目获得了国家级、北京市各类科技进步奖。目前，所里在研课题经费3000余万元。 所内设有世界卫生组织儿童卫生合作中心、中国儿童卫生保健疾病防治指导中心、中-加儿童健康研究合作中心、北京市感染与免疫中心实验室。