中国中医科学院有38个局级重点学科、28个三级实验室、11个局重点研究室，39个国家中医药管理局重点专科（专病），研究水平及科研成果始终在中医药行业前列。    截止2012年底，我院各级在研课题共计950项，其中“十二五”国家重大科技任务69项，包括重大新药创制专项19项，973牵头项目3项，863计划1项，重大传染病防治科技重大专项3项，行业专项17项，科技支撑计划14项，国家自然科学基金重点项目6项，基础性工作专项重点项目3项。

    截止2012年底，获得各级科技奖励1283项，其中：国家科学技术奖38 项；全国十大科技成就1项；全国科学大会奖17项；省部级科学技术奖257项；社会力量设立的科学技术奖221项。被誉为中药科学研究丰碑的青蒿素及双氢青蒿素研究，荣获1979年度国家发明二等奖和1992年全国十大科技成就奖。“血瘀证与活血化瘀研究”，荣获2003年度国家科技进步一等奖。屠呦呦终身研究员荣获美国2011年度拉斯克临床医学研究奖。

    现有中医学、中药学、中西医结合三个一级学科所涵盖的所有学科专业的博士、硕士授予权以及图书情报与档案管理一级学科硕士授予权，具有临床医学专业学位授予权和在职人员申请学位资质；设有中医学、中药学、中西医结合三个一级学科的博士后工作站。在教育部第二轮学科评估中，中国中医科学院的中西医结合、中药学、中医学整体水平分别排名第一、第二和第三。

    中国中医科学院拥有249位博士生导师及420名硕士生导师，包括1名中国科学院院士、4名中国工程院院士、4名国医大师、25名首席研究员。