大理学院基础医学院目前共有18个教学、科研和管理机构，即7个教研室（解剖学、组织学与胚胎学、生理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、病理学、微生物学与免疫学、寄生虫学）、5个实验室（人体解剖学、人体机能学、人体形态学、病原生物学、生物化学与分子生物学）、1个研究所（病原与媒介生物研究所）、1个人体生命科学馆和4个行政办公室（党政综合办公室、教学管理办公室、学生管理办公室、研究所办公室）。在编教职工86人，教授10名，副教授及副高级职称23人，校级和省级学术带头人10人，博士（含在读）21人，硕士（含在读）21人，校内外兼职教师及外籍教师26名。有省级重点学科2个、云南省示范实验室1个、云南省高校重点实验室1个、校级重点建设学科2个、校级重点建设专业2个、省级精品课程1门、校级重点课程3门、校级精品课程1门。先后主持各种教学改革和科学研究课题70余项，其中国家自然科学基金资助课题8项，先后获省（部）级和地（厅）级成果奖励40余次，在国内外学术刊物发表各种学术研究论文1000余篇，主编或参编专著和教材30余部。2004年开始招收硕士研究生，目前有硕士生导师18人（3人挂靠其它学院招生），在校研究生50人。
    
    病原生物学
    
    大理学院基础医学院"病原生物学专业"2004年开始招收硕士研究生，目前有硕士生导师15名，在校研究生50名，其所依托的"大理学院病原与媒介生物研究所"和"大理学院病原生物学综合实验室"是云南省高校重点实验室和云南省示范实验室。"病原生物学"是云南省重点建设学科，其所依托的"基础医学"一级学科也是云南省重点建设学科。"大理学院病原与媒介生物研究所"目前有教授7人，副教授15人，留学回国人员9人，国务院政府特殊津贴享受者2人，云南省中青年学术技术带头人1人，云南省中青年学术技术带头人后备人才3人，云南省有突出贡献的专业技术人员及云南省政府特殊津贴享受者4人，先后主持各种教学、科研课题70余项，其中国际合作课题5项，国家自然科学基金资助课题8项，省（部）级科研课题15项。先后获省（部）级和地（厅）级成果奖励40余次，其中云南省科学技术奖（自然科学类）二等奖1次，云南科学技术奖（自然科学类和科技进步类）三等奖19次，卫生部科技成果三等奖1项，云南省教学成果奖二等奖1次，云南省教育厅和卫生厅等地（厅）级科技成果一等、二等和三等奖20余次。在国内外学术刊物发表各种学术研究论文500余篇，主编或参编专著和教材20余部。